Miikaeli Ühenduse tegevus lähtub kristlikust väärtussüsteemist. See määrab ka meie sümboolika. Miikaeli Ühenduse ja Püha Miikaeli Kooli vapil on punane ümarate otstega rist valgel taustal ning kuldsed liiliad. Ümarate otstega rist kuulub peaingel Miikaeli juurde, kes seisab valguse, hariduse ja headuse eest. Miikaeli kujutatakse traditsiooniliselt seismas lohel – see sümboliseerib tema võitu kurjuse üle. Kooli kaitsjaks sobib Miikael hästi, sest ka inimest peaks kasvatama nii, et ta püüdleks üles valguse ja headuse poole ning allutaks endas kurja.
Kuldsed liiliad kuuluvad Neitsi Maarjale, kes on perekonna eestkostja. Ka kool peab toimima perekondade ja laste kaitsjana.
Miikaeli rist on traditsiooniliselt punane valgel taustal, kuid heraldikas on lubatud värvid ka ära vahetada. Nii on Miikaeli Ühendusega seotud VHK vapil valge rist punasel taustal, mis tekitab seose Tallinna linnaga, sest Tallinna väike vapp on samuti valge rist punasel taustal (Tallinnal on kaks vappi, suur ja väike).